En 1502, tras haber donado la Ermita del resorte a la Orden de San Jerónimo, D. Manuel da a cambio el orden de Cristo la Casa de la Judiaria Grande 1 sinagoga situada en el lugar de Vila Nova - entre las actuales Rua dos Fanqueiros y la Madalena siendo, rehacer y consagrada la N. Sra. de la Concepción de los Freires y posteriormente la Concepción vieja. Por oposición a la nueva realizada en la calle Nova dos Ferros. Erróneamente Alexandre Herculano y otros autores identifican la iglesia con la Gran Sinagoga de Lisboa. Otros autores deshizo la confusión y eso no impide q algunos guías turísticos apunten hacia el umbral de la puerta de la iglesia mostrando lo que les parece haber sido el lugar de la mezuzá.

La Judería Vieja / Grande, se extendía entre la Iglesia de la Magdalena, la de San Nicolás, la de San Julián, y la Rua da Correaria. El urbanismo, fue, naturalmente, modificado, implicando la destrucción de algunas zonas cercanas al Pozo de Fotea. No obstante, verificamos que la Iglesia de la Magdalena se encuentra en una de las zonas remanentes. Era la ubicación de uno de los portones de la Judería. D. Pedro, hace referencia al cierre de las puertas de la Judería, después de la dispersión de la comunidad judía. Esta zona, más tarde, fue objeto de varias reformulaciones urbanísticas por parte de D. Dinis, modificando aún más el espacio, a pesar de haber desempeñado un papel fundamental en el desarrollo urbanístico de esta zona.

Cuando hablamos en Sinagoga, hablamos de un lugar de reunión, y cabía al rey vetar su edificación. Hasta 1383, la Sinagoga de la Judería Vieja, es la más célebre, y englobaba la Iglesia de la Magdalena, San Nicolás, hasta las cercanías de la Conceição Velha. Durante el reinado de D. Juan II, la Sinagoga tendría tres naves, pero no sería la construcción original del período de vigencia de D. Dinis, habiendo sido objeto de al menos un añado. La Iglesia de San Nicolás era, entonces parte de esa misma edificación posterior.