Em 1502,  após ter doado a Ermida do Restelo à Ordem de São Jerónimo, D. Manuel dá em troca à ordem de Cristo a Casa da Judiaria Grande, uma sinagoga situada no lugar de Vila Nova – entre as atuais Rua dos Fanqueiros e da Madalena sendo refeita e consagrada a N. Sra. da Conceição dos Freires e posteriormente Conceição Velha, por oposição à nova realizada na Rua Nova dos Ferros.  Erradamente, Alexandre Herculano e outros autores identificaram a igreja como a Sinagoga Grande de Lisboa. Outros autores desfizeram a confusão, mas isso não impede que alguns guias turísticos apontem para a ombreira da porta da igreja mostrando o que lhes parece ter sido o lugar da mezuzá.

A Judiaria Velha/Grande, estendia-se entre a Igreja da Madalena, a de S. Nicolau, a de S. Julião, e a Rua da Correaria. O urbanismo, foi, naturalmente, modificado, implicando a destruição de algumas zonas próximas do Poço da Fotea. Não obstante, verificamos que a Igreja da Madalena se encontra numa das zonas remanescentes. Era a localização de um dos portões da Judiaria. D. Pedro, faz referência ao encerramento das portas da Judiaria, depois da dispersão da comunidade judaica. Esta zona, foi, mais tarde, alvo de várias reformulações urbanísticas por parte de D. Dinis, modificando ainda mais o espaço, apesar de ter tido um papel fundamental no desenvolvimento urbanístico desta zona.

Quando falamos em Sinagoga, falamos de um lugar de reunião, e cabia ao rei vetar a sua edificação. Até 1383, a Sinagoga da Judiaria Velha, é a mais célebre, e englobava a Igreja da Madalena, S. Nicolau, até às proximidades da Conceição Velha. Durante o reinado de D. João II, a Sinagoga teria três naves, todavia não seria a construção original do período de vigência de D. Dinis, tendo sido alvo de pelo menos, um acrescento. A Igreja de S. Nicolau era, então parte dessa mesma edificação posterior.